《水环境保护》是环境生态工程专业一门专业选修课程，主要阐述水环境污染规律、水环境监测、水环境质量评价方面的理论与方法，是指导水资源优化规划及管理的理论基础。课程内容包括六部分：绪论，水环境监测，水污染负荷预测，水环境演化原理，水环境质量评价，水环境保护规划与管理。其中核心内容是水污染负荷预测和水环境质量评价。