《环境微生物学》是环境生态工程专业一门专业核心课程，主要阐述微生物的形态结构、营养代谢、遗传变异、微生物生态及微生物与物质循环等内容，是指导环境生态修复的理论基础。课程内容包括三部分：第一部分介绍有关环境微生物的基本概念和理论，包括环境微生物的分类和特征、生理和代谢、遗传和进化以及生态规律和多样性等。