对于黑臭水体的治理，总体思路是控制外源污染，削减内源污染，其中具体措施包括：截污、清淤、底泥覆盖、调水等。这些方法的优点是见效快，但这些方法属于市政工程措施，其缺点是花费高，耗时长等，且存在各自的弊端。由于工程方法的种种限制，若要从根本上解决水体黑臭的问题，必须从水体污染物自然降解过程的本质入手。国内外对生态法修复受损水体进行大量的相关研究。