水产养殖学专业以水产养殖产业发展现状与水产学科优势为背景和依托，以现代水产养殖产业发展的高级人才需求为导向，长期坚持“农科教一体化、产学研相结合”的特色办学方向，逐步推进卓越农林人才培养计划，专业依托国家级研究所-中国水产科学研究院淡水渔业研究中心和江苏省重点学科一水产学的发展而建成了课程体系完整、实验条件先进、实践基地完备、师资结构合理、办学特色鲜明的全国特色本科专业.2011年，学院顺利通过了ISO9001质量管理体系（教育培训〉认证。2012年教育部发布学科评估中，南京农业大学水产学科整体水平位于全国第五。现有拥有水产养殖学和水生生物学2个博士、3个硕士学位授权点和1个水产博士后科研流动站。